Struktur Organisasi Sekretariat DPRD Kota Balikpapan tersebut sesuai dengan Peraturan Walikota Kota Balikpapan Nomor 50 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah. Dalam menjalankan Tugas Pokok dan Fungsi dimaksud,  Sekretaris DPRD Kota Balikpapan di bantu oleh 3 (tiga) kepala bagian dan 9 (sembilan) kepala sub bagian, dengan uraian sebagai berikut:

a.  Sekretaris DPRD;

b.  Bagian Keuangan, yang membawahkan:

1. Subbagian Program;

2. Subbagian Verifikasi; dan

3. Subbagian Pelaporan.

c. Bagian Persidangan, Risalah dan Perundang-undangan, yang membawahkan:

1. Subbagian Persidangan dan Risalah;

2. Subbagian Hukum dan Perundang-undangan; dan

3. Subbagian Dokumentasi, Pengolahan Data dan Perpustakaan.

d.  Bagian Umum, yang membawahkan:

1. Subbagian Administrasi Umum;

2. Subbagian Rumah Tangga dan Perlengkapan;

3. Subbagian Humas dan Protokol; dan

e.  Kelompok Jabatan Fungsional.